La Academia Santa Rosa de Lima se inició como escuela católica elemental en el año 1959-1960. Fue fundada por los Padres Dominicos en respuesta a las necesidades de crecimiento poblacional del pueblo de Bayamón. Comenzó con una matrícula de 737 estudiantes de Kinder a Octavo grado. Luego en el año 2013-2014 se amplió la oferta académica. Su primer director fue el Padre Dalmacio y luego el Padre Ángel Eikenboon, quien estuvo desde el 1962 hasta el 1976. Los Padres dominicos estuvieron a cargo de la Academia hasta el 1976.
Las Hermanas Dominicas de Amityville se dedicaron, desde los comienzos, a la organización escolar y a dar la oportunidad a nuestros niños de practicar nuestra fe católica. Su primera principal fue Sister Clarita Bleif, O.P. (q.e.p.d.) Contaba con ocho Hermanas Dominicas y 13 maestras laicas. Del 1973 al 2003 fue Principal de la Academia Sister Doris M López. Del 2003 al 2005 ocupó el puesto Sister Selenia Quiñones. En 2005 a Sister Selenia la hicieron Provincial de su Congregación y presentó su renuncia a la Academia.
La Academia recibió la acreditación del Departamento de Instrucción Pública el 8 de febrero de 1965. Recibió la acreditación de la Asociación de The Middle States Association de Schools and Colleges el 1 de diciembre de 1990 y la acreditación del Consejo General de Educación desde el 1995. Las licencias de acreditación están vigentes actualmente.